Si tratta di una particolare forma di riproduzione sessuata, messa in atto dai Protozoi Ciliati. Questi protozoi possiedono due nuclei, uno grande, detto macronucleo e uno piccolo, il micronucleo. Due individui si uniscono in prossimità dei rispettivi citostomi e i loro micronuclei vanno incontro a meiosi; tre dei nuclei che si formano degenerano, mentre il quarto va incontro ad una nuova divisione; dei due nuclei formatisi in ciascuna cellula, uno rimane nell'individuo che lo ha generato (nucleo stazionario), mentre l'altro migra nell'altra cellula e si fonda con il nucleo stazionario di questa; si assiste pertanto ad una reciproca fecondazione; al processo segue una riproduzione asessuata per scissione. Anche alcuni funghi e delle alghe vanno incontro a coniugazione. Per la coniugazione batterica, si clicchi qui.

Coniugazione nell'alga Spirogyra