I funghi con organizzazione più primitiva si riproducono per semplice mitosi, come tutti gli organismi formati da una sola cellula. Funghi con ife e Rodoficee multicellulari si riproducono per frammentazione del corpo - che viene indicato col nome di tallo, ovvero per mezzo di conidi, cioè di propaguli portati da filamenti specializzati, o anche, più spesso, per mezzo di
meiospore formate al termine di processi di sessualità.
La sessualità inizia di solito con la reciproca attrazione di cellule o di ife aploidi di segno opposto che si usa indicare con + e -, poiché non si formano gameti riconoscibili come maschili e femminili. Queste cellule si fondono, ma alla loro fusione non sempre segue la fusione dei nuclei (cariogamia) sicchè nuclei di segno diverso possono convivere separati nella stessa cellula per lungo tempo e per molte generazioni cellulari. Subentra quindi la cariogamia
e infine la meiosi che si conclude con la produzione di quattro cellule aploidi che assumono una configurazione particolare nelle diverse classi; è frequente una divisione postmeiotica .
In alcuni Funghi Eumiceti lo scambio di materiale genetico avviene in modo assai semplice; questo processo, detto parasessualità, aiuta a riconoscere le caratteristiche dei primi organismi eucarioti(fig.).
I processi sessuali di molte specie fungine ci sono ignoti: si tratta di organismi molto semplici che si suole chiamare 'funghi imperfetti', in realtà imperfette sono le nostre conoscenze.
