Ciglia e flagelli sono comuni in molti organismi procarioti ed eucarioti e la loro organizzazione è molto simile; sono infatti costituiti tutti da microtuboli del diametro di circa 30 nm . Nei ciliati, per esempio, consentono il rapido movimenti dell'organismo nell'acqua; le ciglia presenti in determinati tessuti degli organi respiratori di molti animali, consentono di espellere le particelle estranee. I batteri possiedono flagelli del diametro di circa 15 nm, lunghi 10 µm, che permettono loro di spostarsi alla velocità di 25 µm/s
Spermatozoi, le cellule che consentono la riproduzione sessuata riproduttive della quasi totalità di animali; si vedono chiaramente le teste e il lungo flagello; gli spermatozoi in basso a sinistra sono stati ripresi di taglio; la testa è dunque schiacciata. Gli spermatozoi sono cellule aploidi.
Sezione trasversale di ciglia epiteliali e microvilli di trachea di mammifero; il ciglio è il cerchio grosso centrale, al cui interno si vedono i microtuboli. I cerchi più piccoli sono invece microvilli, cioè digitazioni delle cellule epiteliali che aumentano molto la superficie cellulare.
Sezione longitudinale di flagello; si vedono i microtuboli, circondati esternamente da un gran numero di mitocondri.