Le spore delle Felci prendono origine per
meiosi e quindi vengono dette meiospore; sono racchiuse in sporangi e questi di solito sono riuniti in sori. Sporangi molto semplici si trovano all'apice dei fusti di Rhynia, ma in altre Pteridofite essi si formano sulle foglie - più spesso sulla faccia inferiore
(fig) -
ovvero riparati da una ripiegatura della foglia stessa, o anche da strutture speciali che hanno un ruolo importante anche per la dispersione delle spore. La fronda, o la foglia, che reca gli sporangi, viene detta sporofillo.
Nelle Pteridofite a sessi separati, metà delle piante producono
gametofiti (protalli) femminili e l'altra metà gametofiti maschili
(fig). In queste piante avviene spesso che i primi germinano da spore più grandi e i secondi da spore più piccole: per tale motivo si distinguono macroscopore femminili e microscopore maschili e le foglie che le portano vengono dette,
rispettivamente, macrosporofilli e microsporofilli (fig). In talune Pteridofite molto evolute del
Paleozoico, gli sporangi che contengono macrospore femminili sono protetti da involucri che ricordano il semplice 'fiore' delle Gimnosperme; in altre Pteridofite di quell'epoca avviene inoltre che il protallo matura prima di abbandonare lo
sporofito.
Tali situazioni sono molto interessanti poiché preludono a quelle che incontreremo presso le fanerogame, ma nel phylum che consideriamo sono casi limite: la maggior parte delle Pteridofite produce spore piccole e leggerissime che il vento disperde a grandi distanze.
Per quanto riguarda i gameti maschili (anterozoidi) si osserva che quelli delle Licopodine hanno due flagelli apicali simmetrici somiglianti ai gameti delle Briofite e delle Carofite, i gameti maschili delle Psilofitine, degli Equiseti e delle Pteridofitine possiedono invece molti flagelli innestati a
raggiera o a spirale (fig.); essi somigliano ai gameti della Ginkgo e
delle Cicadee tra le Fanerogame. E' questa una testimonianza in più della posizione tassonomica intermedia delle Pteridofite.
Data la locomozione per mezzo di flagelli dei gameti maschili, è chiaro che in queste piante la fecondazione può avvenire solo quando i gametofiti sono bagnati dall'acqua.
Va infine aggiunto che la riproduzione vegetativa è, presso le Pteridofite, piuttosto rara, essa avviene per il tramite di
stoloni.