Le cellule dei protisti, ad eccezione di molte alghe, sono prive di parete ed il loro citoplasma ha poca consistenza, pertanto esse sono necessariamente munite di strutture di sostegno. Queste strutture variano a seconda che la cellula proceda per movimenti ameboidi o per spinta o trazione da
parte del flagello.
Nelle cellule ameboidi il citoscheletro consiste in un sostegno flessibile e mutevole formato sia da microtubuli sia da filamenti di actina e di cheratina, sostegno del tipo che si trova anche presso le cellule degli animali. Nelle grosse cellule
ameboidi, però, in cui gli pseudopodi sono sottili e utilizzati per la cattura del cibo il sostegno è dato da fasci di microtubuli o da esili aghi silicei come negli Eliozoi: i fasci di microtubuli presentano il vantaggio di essere montati o smontati rapidamente a seconda del bisogno.
Nella superclasse degli Actinopodei si osserva il più straordinario sviluppo e la più varia natura delle strutture di sostegno:
chitina, solfato di stronzio (SrSO4 ), silice (SiO2 ) formano impalcature raggiate, gabbie, spicole sottili. Le Diatomee hanno anch'esse strutture di sostegno fatte di silice a forma di scatola con coperchio (frustoli)
Quando le strutture di sostegno hanno peso specifico elevato e la cellula vive libera nell'acqua compaiono in essa dispositivi di galleggiamento (gocce di grasso, bolle di gas) che compensano il peso della 'zavorra'.
Nelle cellule flagellate l'architettura interna varia a seconda che i flagelli trascinano la massa citoplasmatica o la spingono. Nel primo caso, per ovvi motivi, il sostegno interno è piuttosto leggero, ma l'ancoraggio del flagello al citoplasma e in particolare all'involucro del nucleo è
molto solido. Nel secondo caso l'ancoraggio del flagello è meno rilevante, in compenso la cellula è munita di una 'pellicola', cioè di una sorta di scheletro superficiale formato da proteine molto dense, e da microtubuli disposti in modo adatto.