Questi organismi presentano cellule di complessità straordinaria, tanto che l'esatta e minuta descrizione di una specie richiede la pubblicazione di un vero e proprio atlante
(fig); nel loro citoplasma sono
presenti svariati organuli che svolgono diverse funzioni e sono provvisti di
cilia che consentono al protozoo di nuotare o spostarsi sul fondo. Essi hanno inoltre attitudini riproduttive così insolite, da differenziarsi da tutti gli altri organismi eucarioti.
La cellula dei
Ciliati possiede sempre due nuclei aventi funzioni diverse ed è coperta da molte ciglia che ondulano in modo coordinato, e ciò conferisce ad essa la possibilità di nuotare e manovrare in modo rapido e accurato; in alcune famiglie che hanno abbandonato l'habitat pelagico e vivono sul fondo , questo apparato piò
regredire in parte o del tutto. I Ciliati non formano gameti, ma due cellule si 'coniugano'.
Alcuni ciliati sono piuttosto grandi, visibili a occhio nudo
e non è difficile osservarli attingendo un po' d'acqua nella vasca d'un giardino; vengono chiamati anche
infusori (fig).
Altri ciliati hanno scelto la vita sedentaria: stanno attaccati al fondo delle acque e il moto delle loro ciglia conduce verso la 'bocca' della cellula i microorganismi di cui si nutrono.
Altri ciliati sedentari si nutrono invece a spese di organismi più grandi, sono privi di ciglia (almeno durante gli stadi vegetativi), ma portano una corona di tentacoli che possono essere micidiali per i piccoli animali pelagici che vi capitano sopra,
si tratta degli Acineti.