Antony van Leeuwenhoek (1632-1723) non apparteneva all'ambiente dei dotti, era infatti usciere presso il tribunale di Deft. Le lenti si erano molto diffuse in Olanda soprattutto in quanto con esse era molto più facile stabilire con esattezza la qualità
della trama di un determinato tessuto; Leeuwenhoek rimase affascinato da questo nuovo strumento e raggiunse una tale abilità artigianale nel fabbricare lenti biconvesse, che ancora oggi una delle sue lenti si è rivelata superiore a qualsiasi altra conosciuta: i microscopi semplici da lui costruiti erano costituiti da piccole sferette di vetro fuso montate su un supporto metallico e raggiungevano un ingrandimento da 50X a 300X.
Con questi strumenti Leeuwenhoek cominciò ad osservare di tutto; in una sua lettera dei 1674, scritta al segretario della Royal Society di Londra si legge:
...Questi animalculi avevano diversi colori, alcuni erano biancastri, altri trasparenti; altri avevano scagliette verdi e molto lucenti, altri ancora erano verdi in mezzo, bianchi davanti e dietro, altri grigiastri. [ ... ] Ritengo che alcuni di questi
minuscoli esseri fossero oltre mille volte più piccoli fra quelli che ho finora visto...
Egli scorse anche i batteri e, come Hooke, rimase affascinato dallo straordinario ampliamento dei sensi che il nuovo strumento permetteva. In realtà, sia a lui che ad Hooke mancava e non sarebbe stato possibile altrimenti, una teoria
interpretativa che inquadrasse questi animalculi.