Il phylum degli Emicordati comprende animali marini microfagi polipiformi o vermiformi caratterizzati da fenditure faringee che pongono in comunicazione la parte anteriore dell'intestino con l'esterno. Quest'ultimo carattere è condiviso dai Cordati ai quali è
opportuno riunire gli Emicordati. Il corpo è diviso in tre regioni provviste di celoma, l'apparato circolatorio è evoluto, poco evoluto il sistema nervoso. I sessi sono separati; lo sviluppo di solito è indiretto con larve ciliate pelagiche, molto simili a quelle degli Echinodermi (fig.).
Il phylum comprende le classi degli Enteropneusti e degli Pterobranchi nonché le Graptoliti fossili.
Gli Enteropneusti (fig ) sono vermiformi piuttosto grandi (5-25 cm). La prima regione del loro corpo è formata da una proboscide globosa che funziona da organo di scavo. All'interno di essa si trova una prima sacca celomatica nella quale si spinge un
diverticolo a fondo cieco della faringe, a quest'ultimo è connesso l'organo propulsore della circolazione e, forse, un organo escretore.
Segue un collare muscoloso nel quale, si apre la bocca; nel collare si trova anche il primo tratto del sistema nervoso a forma di struttura cilindrica cava, condizione molto interessante poiché ricorda quella dei vertebrati (fig.) .
Nella terza regione del corpo, costituita dal tronco, si può riconoscere una porzione nella quale si apre una serie di fenditure pari che mettono in comunicazione l'intestino con l'ambiente esterno; queste fenditure restano in parte coperte da due pieghe aliformi che racchiudono numerosi diverticoli epatici dell'intestino. Le pieghe aliformi
ospitano le gonadi che sono semplici sacchi che si aprono all'esterno mediante un poro. Nella porzione terminale del tronco, dalla parte dorsale, è stato descritto per alcune specie un cordone formato da un tessuto simile a quello della corda dei Cordati propriamente detti.
Il sistema nervoso è rappresentato, nel tronco, da due ispessimenti longitudinali dell'epidermide, uno mediano dorsale e uno mediano ventrale.
L'intestino degli Enteropneusti è rettilineo. Di grande interesse è l'anatomia della sua porzione faringea che permette di istituire confronti assai istruttivi tra gli Enteropneusti e i Cefalocordati, una delle classi del phylum dei Cordati: in molte specie le fenditure branchiali sono sostenute da arcate di materiale chitinoso, disposte a U
rovesciato, mentre l'epitelio ciliato che tappezza dette arcate forma anche strutture trasversali (sinatticole) delimitando finestre più piccole . In questi animali che vivono in tubi obliqui o verticali non è facile distinguere una regione ventrale da una regione dorsale, ma ai fini comparativi è utile considerare ventrale quella in cui si aprono le fenditure branchiali.
Gli Pterobranchi comprendono poche specie marine di piccole dimensioni (pochi mm di lunghezza). Gli animali vivono isolati o in colonie entro tubi chitinosi o gelatinosi (zoeci) composti di sostanze secrete dagli animali stessi miste a detriti.
Le Graptoliti , (fig) classe estinta, formavano colonie con esoscheletro chitinoso, suddiviso in numerose ramificazioni.
