L'istituzione di un regno dei Funghi è stata suggerita un po' più di un secolo fa, ma la proposta ottenne allora pochi consensi. Oggi il regno dei Funghi viene accettato da molti studiosi che sono però in disaccordo, sia sugli organismi da attribuire
ad esso, sia sulla sua collocazione nella serie dei viventi. Tuttavia, conviene attribuire a questo regno tutte le specie la cui eucellula, provvista di una parete polisaccaridica (chitinosa), manca di qualsiasi sistema per la motilità, caratteristica molto rilevante. Per questo stesso motivo conviene collocare i Funghi, insieme alle
Rodofite (Alghe rosse) al posto più basso nella serie degli organismi eucarioti (Tab.).
Nonostante la semplicità della cellula, molti degli organismi qui trattati edificano, attraverso una rudimentale organizzazione pluricellulare, sia alcune strutture vegetative complesse, come nel caso delle
Rodoficee Floridee, sia corpi fruttiferi grandi ed efficienti destinati alla dispersione delle spore, come nel caso dei 'funghi a cappello' che si possono raccogliere nei prati e nei boschi; per
questo aspetto i Funghi attuali mostrano di aver raggiunto un notevole livello evolutivo.
L'origine dei Funghi può essere tentativamente collocata 1500 milioni di anni fa. Nel lungo periodo trascorso da allora essi si sono adattati agli ambienti più vari e ai modi di vita più diversi: le Rodoficee sono acquatiche e fotoautotrofe, mentre gli
Eumiceti (i funghi propriamente detti) sono prevalentemente terrestri e si comportano da sapròbi o da parassiti, ma
sono anche simbionti con protisti e piante, mentre alcuni sono addirittura predatori.
Forme unicellulari molto primitive si riscontrano presso il gruppo poco noto dei
Funghi imperfetti, presso quello assai composito degli Ascomiceti, nonché presso le
Bangioidee tra le alghe rosse; non è facile dire quali delle due classi sia da porre alla radice di questo regno, ma alcuni elementi indicano come più primitivo il gruppo delle
Endomicetali e su questa base è stato costruito l'albero genealogico.
(*) Le somiglianze citologiche fra Eumiceti e Rodofite sono molte, tuttavia esistono alcune differenze cospicue di biologia molecolare per cui molti botanici non concordano sull'opportunità di unire i due phyla.